El INTEQUI fue creado por iniciativa conjunta de la Universidad Nacional de San Luis y el CONICET en el marco de una política expansiva en cuanto a localización de Centros de Ciencia y Tecnología en todo el territorio del país. En marzo de 1983 la Universidad Nacional de San Luis creó el INTEQUI para que en junio de ese mismo año se firmara el Convenio de Cooperación, entre la UNSL y el CONICET, para su creación y funcionamiento. Esta etapa fundacional fue coordinada y llevada a cabo por el Dr. Juan B. P. Rivarola, quién permaneció en la Dirección del Instituto hasta su jubilación.
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